File con estensione .cram
Tipo di file Compressed Alignment File
| Sviluppatore | EBI |
| Categoria | File di dati |
| Formato | Binary |
Come aprire file CRAM?
Formato file di allineamento compresso sviluppato da EBI, una stazione periferica del laboratorio europeo di biologia molecolare; memorizza gli allineamenti di lettura della sequenza DNA breve generati da allineatori a lettura breve come BWA, BBMap e BLAT.
Il formato di file CRAM è simile al formato di file Binary Alignment / Map (BAM) ma offre una migliore compressione dei file e un formato di contenitore binario orientato alle colonne ristrutturato. Con l'aumento dei volumi di dati nel campo del software genetico, il formato CRAM è stato progettato per ridurre la stampa del piede del disco dei dati di allineamento.
L'allineamento di lettura breve è il processo di decifrazione da cui proviene una sequenza nel genoma. Questo può essere difficile poiché il genoma di riferimento è piuttosto grande e non si cercano sempre corrispondenze esatte nel genoma di riferimento. Brevi allineatori di lettura sono usati per cercare sequenze enormi per le partite e le partite ravvicinate. Poiché le sequenze sono così grandi, la compressione fornita da formati come CRAM è necessaria per mantenere le dimensioni dei file gestibili.
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