Poiché i file MOHO archiviano progetti di animazione, sono i file più noti tra Moho utenti. È possibile creare un file MOHO selezionando File → Nuovo o Nuovo da modello, quindi salvandolo selezionando File → Salva o Salva con nome .... Per aprire un file MOHO, selezionare semplicemente File → Apri ... o Apri recenti ... e seleziona il file MOHO.
I file MOHO sono stati originariamente creati dalle prime versioni di Moho. Tuttavia, il file è stato sostituito dal file .ANME quando Moho è diventato Anime Studio. Alla fine, nella versione 12, Anime Studio è stato rinominato Moho, che utilizza il file MOHO per archiviare i progetti. Le versioni correnti di Moho supportano ancora i file ANME.