Software : Integrated Genome Browser : Integrated Genome Browser

Integrated Genome Browser

Versione
9
Piattaformas
Licenza Open Source
Categoria Scientific

Recensione del software

Funzioni principali

  • Supporta vari formati di genoma come GenBank e FASTA
  • Interagisci con i dati con le animazioni di zoom e panoramica
  • Accesso e caricamento dei genomi dai siti QuickLoad
  • Trasforma i dati in vari moduli grafici
  • Condividi i dati con i collaboratori tramite Dropbox
  • Installa plug-in per funzionalità aggiuntive

Integrated Genome Browser (IGB) è un programma open source utilizzato per visualizzare ed esplorare grandi set di dati genomici. Puoi visualizzare vari formati di dati, interagire con i tuoi dati, creare grafici, salvare le tue informazioni come immagini e condividere i tuoi dati con i collaboratori.

IGB consente di visualizzare i dati da annotazioni e sequenze allineate. Il programma supporta una varietà di formati come FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Puoi prendere i dati e trasformarli in una varietà di forme di grafici, inclusi i grafici di disallineamento per evidenziare le differenze di dati e i grafici di profondità per mostrare la copertura. Puoi anche interagire con i tuoi dati tramite le animazioni di zoom e panning di IGB.

IGB ti consente di accedere e caricare genomi dai siti QuickLoad, che sono semplici sistemi di directory, sequenze e altri file di dati per scopi di visualizzazione. IGB offre funzionalità avanzate con supporto per plugin per aggiungere funzionalità e automazione del flusso di lavoro attraverso l'uso di script. IGB offre inoltre funzionalità avanzate per la condivisione dei dati, sia che vengano pubblicate come immagini JPEG, PNG o SVG di alta qualità o che memorizzino dati in Dropbox per consentire ai tuoi collaboratori di accedere al tuo progetto.

IGB è utilizzato principalmente da ricercatori universitari, biologi e bioinformatici. Fornisce strumenti avanzati per l'apertura di una varietà di formati di dati sul genoma, visualizzazione di dati come grafici diversi e condivisione di dati con i collaboratori. Sfortunatamente, il programma si basa su sovvenzioni per lo sviluppo continuo, il che significa che il supporto per l'applicazione potrebbe cessare in qualsiasi momento. Tuttavia, Integrated Genome Browser è ancora un programma capace e personalizzabile per gli utenti che desiderano esplorare e analizzare i loro dati sul genoma.

Aggiornato: 29 giugno 2016

▶ Estensione del file primario

.xml – XML File

▶ Altre estensioni di file utilizzate Integrated Genome Browser 9

Tipi di file supportati
.BED UCSC BED Annotation Track File
.GB GenBank Data File
.FASTA FASTA Sequence File
.DAS DeltaMaster Analysis Session
.SGR SGR Genome Data File
.FA FASTA Formatted Sequence File
.USEQ USeq Genome Data File
.FAS FASTA Sequence File
Ulteriori formati di file correlati