Integrated Genome Browser
| Versione |
9 |
| Piattaformas | |
| Licenza | Open Source |
| Categoria | Scientific |
| Ulteriori informazioni
(visita il sito web del publisher)
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Recensione del software
Funzioni principali
- Supporta vari formati di genoma come GenBank e FASTA
- Interagisci con i dati con le animazioni di zoom e panoramica
- Accesso e caricamento dei genomi dai siti QuickLoad
- Trasforma i dati in vari moduli grafici
- Condividi i dati con i collaboratori tramite Dropbox
- Installa plug-in per funzionalità aggiuntive
Integrated Genome Browser (IGB) è un programma open source utilizzato per visualizzare ed esplorare grandi set di dati genomici. Puoi visualizzare vari formati di dati, interagire con i tuoi dati, creare grafici, salvare le tue informazioni come immagini e condividere i tuoi dati con i collaboratori.
IGB consente di visualizzare i dati da annotazioni e sequenze allineate. Il programma supporta una varietà di formati come FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Puoi prendere i dati e trasformarli in una varietà di forme di grafici, inclusi i grafici di disallineamento per evidenziare le differenze di dati e i grafici di profondità per mostrare la copertura. Puoi anche interagire con i tuoi dati tramite le animazioni di zoom e panning di IGB.
IGB ti consente di accedere e caricare genomi dai siti QuickLoad, che sono semplici sistemi di directory, sequenze e altri file di dati per scopi di visualizzazione. IGB offre funzionalità avanzate con supporto per plugin per aggiungere funzionalità e automazione del flusso di lavoro attraverso l'uso di script. IGB offre inoltre funzionalità avanzate per la condivisione dei dati, sia che vengano pubblicate come immagini JPEG, PNG o SVG di alta qualità o che memorizzino dati in Dropbox per consentire ai tuoi collaboratori di accedere al tuo progetto.
IGB è utilizzato principalmente da ricercatori universitari, biologi e bioinformatici. Fornisce strumenti avanzati per l'apertura di una varietà di formati di dati sul genoma, visualizzazione di dati come grafici diversi e condivisione di dati con i collaboratori. Sfortunatamente, il programma si basa su sovvenzioni per lo sviluppo continuo, il che significa che il supporto per l'applicazione potrebbe cessare in qualsiasi momento. Tuttavia, Integrated Genome Browser è ancora un programma capace e personalizzabile per gli utenti che desiderano esplorare e analizzare i loro dati sul genoma.
Aggiornato: 29 giugno 2016
▶ Estensione del file primario
▶ Altre estensioni di file utilizzate Integrated Genome Browser 9
| Tipi di file supportati | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .GB | GenBank Data File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| Ulteriori formati di file correlati |
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